1、水资源征收原则。水资源费征收遵循分级征收、就地入库、比例分成的原则，全额纳入财政预算管理，主要用于水资源的节约、保护和管理，以及水资源的合理开发等。
2、征收主体。各级水行政主管部门负责水资源费的征收管理，各级水资源管理机构具体承担水资源费的日常征收管理工作。各级水利、财政、价格、审计、监察、人民银行等行政主管部门应当加强水资源费的征收、缴库、使用监督管理工作。
3、征收范围。 直接从地下、江河、湖泊、水库取用水的单位和个人，应当依法缴纳水资源费。由水利工程或其他供水工程向城市自来水公司或企业供水的，统一由自来水公司或企业缴纳水资源费。
4、免征条件。城市规划区以外，依法不需要办理取水许可证的下列取水，免征水资源费： （1）农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水用于农业灌溉和人畜饮水的；（2）家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等月取水量不超过50立方米的； （3）为保障矿井等地下工程施工安全和生产安全必须进行临时应急取（排）水的；（4）为消除对公共安全或者公共利益的危害临时应急取水的；（5）为农业抗旱和维护生态与环境必须临时应急取水的。
5、征收权限划分。水资源费按照取水许可权限，分级征收和管理。（1）以下取用水的水资源费由省水行政主管部门负责征收管理和监督：地表水取水口设计日取水量合计2万立方米（含2万立方米）以上的工业和城镇生活取水；地下水设计日取水量合计1万立方米（含1万立方米）以上取水。国家流域管理机构审批取水的，水资源费由省水利厅征收。（2）以下取用水的水资源费由取水户所在地设区市水行政主管部门负责征收管理和监督：地表水取水口设计日取水量合计1—2万立方米（含1万立方米）的工业与城镇生活取水；地下水设计日取水量合计0.5—1万立方米（含0.5万立方米）的取水；设区市政府所在地城市规划区内的取水。（3）设区市水行政主管部门管理权限以下的取用水，其水资源费由取水户所在地县级水行政主管部门负责征收管理和监督。（4）跨行政区域的取用水，其水资源费由所跨行政区域的共同上一级水行政主管部门负责征收管理和监督。
6、征收时间。水资源费按月征收。取水户应于每月5日前向具体征管机构报送上一月取水量统计报表。征管机构按照核定的取水量和规定的征收标准，确定水资源费的征收数额，向取水户出具缴费票据。
7、累进加价征收。取水户应当按照经批准的年度取水计划取水。超计划取水部分按照相关规定，实行累进加价征收水资源费。对未经许可，擅自取水的，参照超计划累进加价上限标准征收。
8、征收计量。取水户应当按规定安装合格的取水计量设施。未按规定安装计量设施或计量设施运转不正常的，水行政主管部门应责令其限期安装或维修更换，逾期拒不安装或不维修更换的，按取水设施连续运行最大取水量计收水资源费。
9、水资源费返还。水资源费全额纳入各级财政预算管理，由财政部门按照批准的部门预算统筹安排。水资源费按照征管权限，实行省对设区市（含杨凌示范区）、财政直管县按比例返还，根据收入进度情况每半年返还一次。
10、水资源费使用。水资源费专项用于水资源费征收管理及水资源的节约、保护和管理，也可以用于水资源的合理开发。任何单位和个人不得平调、截留或挪作他用。水资源费用于以下方面： （1）水资源调查评价、规划、分配及相关标准制定。（2）取水许可的监督实施和水资源监测、调度。（3）江河湖库及水源地保护和管理。（4）水资源管理信息系统建设和水资源信息采集与发布。（5）节约用水的政策法规、标准体系建设以及科研、新技术和产品开发推广。（6）节水示范项目和推广应用试点工程的拨款补助和贷款贴息。（7）水资源应急事件处置工作补助。（8）水资源工作的宣传和奖励。（9）水资源的合理开发及其他水资源节约、保护和管理的有关事项。
11、处罚。违反本办法规定，未安装计量设施、计量设施不合格或者运行不正常的，拒不缴纳、拖延缴纳或者拖欠水资源费的，未经批准擅自取水或未依照批准的取水许可规定条件取水的，依据《中华人民共和国水法》、《取水许可和水资源费征收管理条例》的有关规定处罚。
